Các cánh quân chư hầu chống Đổng Trác giải tán và quay sang đánh lẫn nhau. Năm 192, Đổng Trác bị Vương Doãn và Lã Bố giết chết. Hồ Chẩn cùng một tướng khác của Đổng Trác là Từ Vinh quy hàng, được Vương Doãn dung nạp.

Bộ tướng của Đổng Trác là Lý Thôi, Quách Dĩ, Trương Tế mang quân đánh vào Trường An báo thù cho Đổng Trác. Vương Doãn sai Từ Vinh mang quân ra địch. Quân Lương châu giết chết Từ Vinh.

Hồ Chẩn lại được Vương Doãn lệnh mang quân ra trận đánh Lý Thôi. Hồ Chẩn không đánh Lý Thôi mà trở giáo đầu hàng. Ông cùng các tướng Lương châu quay về đánh kinh thành, đuổi Lã Bố, giết Vương Doãn.

Lý Thôi và Quách Dĩ chiếm được Trường An, nắm vua Hiến Đế khống chế triều đình. Hồ Chẩn được phong làm Tư Lệ hiệu úy.

Hồ Chẩn mâu thuẫn với Công tào quận Phùng Dực (thuộc Tư Lệ Bộ, khu vực do Hồ Chẩn quản lý) là Du Ân, dùng pháp luật vu cáo và kết án Du Ân vào tội chết. Sau đó 1 tháng ông cũng ốm và qua đời, tự nhận vì mình bị oan hồn của Du Ân báo oán[4].